Първоначално богомилското общество е било формирано вътре в самата църква. Както е известно и от официалната история презвитер Богомил е бил служител на тази църква. Но богомилите разбирали Християнството в неговата вътрешна същина като дълбоко мистично учение и живеели според това учение. По това се отличавали от останалите верующи. Но те не давали външен израз на своята вътрешна вяра.
От летописите от онова време се знае, че и сам Козма казва в своята беседа Йеремия или както е записан от Симеон Антипа в неговата История архиепископ Богомил, водач на движението, не се е делил формално от църквата и до самата си смърт е останал презвитер на външната църква.
Така че богомилите не се делели от църквата, наричали се като всички християни, но образували религиозна община с най-строга организация вътре в самата църква.
Основното разделение на степени, което е съществувало в първото християнство, е било запазено и у богомилите: оглашени, вярващи и съвършени. Оглашени са били онези, у когото е било силно религиозното чувство, но предаността им към учението не е била изпитана още. Те били още слушатели. Те се водели от някои от верните или верующите. Онзи, който е довел един оглашен, отговаря за него не само докато е оглашен, а на вечни времена. Негова е заслугата, че е довел при Христа една изгубена овца от лутащото се стадо.
За да влезе в стадията на избраните, на съвършените, верният е трябвало да доведе поне трима оглашени и да ги настави и огласи със звуците на учението.
При огласяването на оглашения от верния — негов духовен баща — последният го поръсвал с вода и му поръчвал да бъде послушен.
Когато оглашеният придобие първата добродетел — пазене на тайната и кръстителят разбере, че той може да бъде доверен и че не ще измени на Словото, въвеждали го в събранието на верните, дето ръководителят му приемал обещанието за вярност, като възлагал ръце върху него и му разкривал части от учението, като му давал при това и легендите на Бояна. Оттогава той посещавал събранията, слушал богослужението и се приобщавал към другите.
Верните работят вече върху себе си, като изучават закона на концентрацията и медитацията, с което организират духовното си тяло и развиват органите си в него.
Силно израсналите в духовно отношение верни били приемани в първата степен на съвършените, в така наречените избрани. Избраните се наричали още презвитери и давали особено строго обещание и носили печат върху лявата си ръка с името на Христа, проповядвали в събранията, извършвали богослужения.
Те са ръкополагани от напредналите съвършени като избраните произнасят молитви, за да се свържат със Светия Дух и да приемат Неговата Светлина. Също така са слагали на главата им Евангелието на Йоана, чели от него известни места и всички казвали Амин.
Богослужението се състояло в четене на Писанието, на книгите на Богомилството, проповеди и молитва. Събранията свършвали с обща братска вечеря, наречена вечеря на Любовта, дето ръководителят чупел хляба и всички пиели от една чаша по една глътка вино. Чашата се пазила в олтаря и с нея се извършвала в тържествени дни литургия. На литургията се преосвещават хляба и виното с магически молитви и жестове и се раздава на верните, избраните и съвършените.
Както във всяко тайно общество особените празници, магично свързани, и церемониите на вътрешния ритуал са били установени здраво. За тях не може да се говори открито. Не може да се говори и по Малките и Големите Мистерии, за които има ясно указание у Симеон Антипа, у Михаил Унгарец и особено в правилата на архиепископ Богомил. Даже в Синодика на Борила — паметник от 1210 година намираме сведения за тях. Ето какво е казано там: „На онези, които на деня 24 юни, на рождения ден на Йоана Кръстителя, извършват вълшебства и влачене на плодове и елика в тая нощ скверни извършват тайнства и елинство и подобни служби."
Като говори по това място Марин Дринов казва, че под елинство се разбира елевзийския култ — елевзийските Мистерии с всички обреди, които се извършват срещу Еньовден, което е още едно доказателство, че богомилите са окултно общество, защото елевзийските Мистерии са дело на окултната школа.
